قانون تنمية المشروعات المتوسطة والصغيرة ومتناهية الصغر وضع عقوبات صارمة لمخالفات أحكامه، حيث تنص المادة 92 على إمكانية وقف الترخيص المؤقت بقرار من الجهاز أو من يفوضه في حالات معينة.

أولاً، إذا حصل المشروع على الترخيص المؤقت بناءً على مستندات غير صحيحة، ثانياً، في حال مخالفة المشروع لشروط الترخيص أو البرنامج الزمني لتوفيق الأوضاع دون مبرر مقبول، ثالثاً، إذا ارتكب المشروع مخالفة تسببت في ضرر جسيم أو خطر على الأمن أو الصحة أو البيئة.

إذا لم يتم إزالة المخالفة خلال المدة المحددة، سيتم إلغاء الترخيص المؤقت بشكل رسمي.

كما ينص القانون في المادة 106 على فرض غرامة تتراوح بين خمسة آلاف وخمسين ألف جنيه على أي شخص يزاول نشاطاً بالمخالفة لقرار إلغاء الترخيص المؤقت، وفي حالة المخالفة التي تتسبب في ضرر جسيم، قد تصل العقوبة إلى الحبس لمدة لا تتجاوز ستة أشهر مع غرامة بنفس النطاق المالي.